Oprogramowanie CerkoLab stanowi uniwersalne środowisko użytkowe dla wszystkich urządzeń wchodzących w skład Cerko Lab System.

Struktura programu wspomaga, natruralny dla analityka, sposób przeprowadzania pomiarów poczynając od kalibracji czujników pomiarowych po opracowanie zarejestrowanych danych. Pomiar może składać się z dowolnej ilości serii zebranych na wspólnym wykresie lub pliku. Każda seria jest oddzielnym cyklem miareczkowania, kinetyki, pomiaru wdma UV/VIS, itp.
Użytkownik, może dostosować postać wykresu do swoich potrzeb a wszystkie ustawienia przechowywane są w pliku profilu. Każdy użytkownik może posiadać dowolną ilość profili.

Dane pomiarowe mogą być wydrukowane w postaci wykresu i zapisane do pliku w tym również w postaci arkusza Excel i pliku tekstowego.

Wersja Expert programu może być uzupełniona o dedykowane procedury analityczne umożliwiające przeprowadzania rutynowych analiz. Firma Cerko w porozumieniu z Klientem, może opracować inne procedury pomiarowe implementujące np. normy zakładowe lub dotychczas stosowane procedury.

Oprogramowanie CerkoLab może być również używane w trybie „off-line” (tzn. bez podłączonego urządzenia) do obróbki wcześniej uzyskanych danych.